En la Estructura Organizativa del SEDUCV se establecen las bases conceptuales del sistema, y se concibe a partir de la identificación de tres niveles de componentes organizacionales del sistema: un primer nivel constituido por los órganos estratégicos de dirección y concertación, representados por el Vicerrectorado Académico, la Gerencia del SEDUCV y el Consejo de Educación a Distancia; un segundo nivel constituido por los órganos de coordinación intermedia, representado por las Coordinaciones de Educación a Distancia de las Facultades, y de los Centros: CENDES y CENAMB, y todos aquellos que se creen de acuerdo a la reglamentación del sistema; y un tercer nivel constituido por los órganos de operación y desarrollo de programas específicos, representados por los Comités Académicos y las Unidades de Producción y Servicio, adscritos a las Coordinaciones de Educación a Distancia locales.
Su organigrama está representado por: